Markus Schnöpf wurde 1968 in München geboren und zählte 15 Lenze, als er von seinem Stiefvater, Ansgar von Kleist, mit einem C64 ausgestattet wurde. An diesem Gerät betätigte er sich als Spieleprogrammierer, verlor aber die Lust, als er ein Jahr später nach Rom umsiedelte. Zurück in München schrieb er seine Abschlussarbeit im Leistungskurs Geschichte mit einem Atari. Mit seinem Umzug nach Berlin verlor er wieder die Lust am Computer und betätigte sich in der Berliner Subkultur als Konzertmanager, Buchhalter und gute Seele. Daneben studierte er an der Freien Universität Geschichte, Politikwissenschaften und Medizingeschichte.

Am Institut für Geschichte der Medizin arbeitete er als studentische Hilfskraft in der Bibliothek und kam 1996 zuerst als studentische Hilfskraft an das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte. Dort begann er mit elektronischen Editionen von frühneuzeitlichen Quellen zur Geschichte der Mechanik. Im Jahre 2000 digitalisierte er die Keilschrifttafelsammlung der Eremitage für die Cuneiform Digital Library Initiative. Zeitweilig arbeitete er im DFG-geförderten Projekt Nachlasserschließung Robert Koch und digitalisierte den fotografischen Nachlass Robert Kochs. 2001 schloss er sein Studium mit der Abgabe der ersten elektronischen Magisterarbeit am Friedrich Meinecke Institut der Freien Universität ab (SGML, html, PDF; Prüfer: R. Winau und A.E. Imhof). Beigefügt war eine digitale Bibliothek der verwendeten Quellen zur Geschichte der Malaria um 1900. Nach Studienabschluss begann er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am MPIWG im DFG-NSF-geförderten Archimedes-Projekt, welches mittels Perseus-Sprachtechnologien einen multilingualen Zugang zu mechanikhistorischen Quellen ermöglicht. Daneben koordinierte er das deutsch-kanarische Humboldt-Projekt, welches eine digitale Bibliothek zu Forschungsreisen auf die kanarischen Inseln enthält. Im Flugzeug war er unter den Touristen oftmals der einzige, der nicht zum Vergnügen nach Teneriffa flog. Kleinere Datenbankprojekte wie die Dokumentation Ärztinnen im Kaiserreich wurden nebenbei erstellt.

2005 wechselte er an die Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften, um in der Akademiebibliothek die IT zu unterstützen. 2006 begann er mit dem Zweitstudium Bibliotheks- und Informationswissenschaften an der Humboldt-Universität, welches er 2008 mit einer Arbeit zu digitalen Bibliotheken abschloss. 2007 wechselte er hausintern in die Inititive Telota (The electronic Life of the Academy), wo er seitdem angestellt ist. Zu den von ihm betreuten Projekten gehören u.a. das Corpus Vitrearum Medii Aevii, das Corpus Coranicum (welches Mitte 2012 mit einer digitalen Fassung des Korans, Intertexten, Lesarten und Manuskripten online gegangen ist), die Drucklegung des ersten Bandes der Reihe 8 der mathematisch-naturwissenschaftlichen Texten von Leibniz, sowie die digitale Edition der Sitzungsprotokolle der Akademie zwischen 1746 und 1786.

Seit 2010 ist er Lehrbeauftragter für digitale Editionen an der Freien Universität im Masterstudiengang Editionswissenschaften im Fachbereich Deutsche und Niederländische Philologie. Als Mitbegründer der Berliner Community der Digital Humanists ist er Mitglied im Einstein-Zirkel Digital Humanities. Im Sommersemester 2014 war er Lehrbeauftragter für Editionswissenschaften an der FH Potsdam. Im Sommer 2014 wurde er Mitglied des Advisory Board der Commission on Bibliography and Documentation (CBD) of the Division of History of Science and Technology (DHST), International Union of History and Philosophy of Science (IUHPS).

So lange er nicht mehr umziehen wird, ist damit zu rechnen, dass er weiterhin mit Computern arbeiten wird.